プレプリント / バージョン1

テンソル分解に基づく変数選択を用いたメラノーマの 1 細胞遺伝子発現プロファイルからの遺伝子選択

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DOI:

https://doi.org/10.51094/jxiv.336

キーワード:

機械学習、 癌

抄録

本研究ではメラノーマ(悪性黒色腫)の 1 細胞 RNA シークエンシング (scRNA-seq) による遺伝子発現プロファイルにテンソル分解を用いた変数選択を実施し、サンプル(腫瘍)に依存せず発現する遺伝子の選択を試みた。結果として得られた遺伝子セットについてエンリッチメント解析を行ったところ、パスウェイや Gene Ontology(GO) に関する語彙を得ることができた。

利益相反に関する開示

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引用文献

Wenpin Hou, Zhicheng Ji, Hongkai Ji and Stephanie C. Hicks: “A system evaluation of single-cell RNA sequencing imputation methods”. Genome Biology 21 (2020) https://doi.org/10.1186/s13059-020-02132-x

永田靖, 棟近雅彦: 『多変量解析入門』. pp.132~150, サイエンス社 (2022)

三宅敏恒: 『線形代数学―初歩からジョルダン標準形へ』. pp.188~190, 培風館 (2008)

V. Klema and A. LAUB: “The Singular Value Decomposition: Its Computation and Some Applications”. IEEE Transactions on Automatic Control, Vol. AC-25, No.2 (1980)

村上純, 日野満司, 山本直樹, 石田明男: 『統計ソフト R による多次元データ処理入門』. 日新出版 (2017)

L.D. Lathauwer, B.D. Moor, J.vandewaller: “A Multi-Linear Singular Value Decomposition”. SIAM Journal on Matrix Analysis and Applications, Vol. 21, No. 4 (2000) doi: 10.1137/S0895479896305696

松田眞一: 『FDR の概説とそれを制御する多重検定法の比較』. 計量生物学, Vol. 29, No. 2 (2008)

Edward Y Chen, Cristopher M Tan, Yan Kou, Qiaonan Duan, Zichen Wang, Gabriela Vaz Meirelles, Neil R Clark, Avi Ma’ayan: “Enrichr: interactive and collaborative HTML5 gene list enrichment analysis tool”. BMC Bioinfomatics 14:128 (2013)

横山悟: 『悪性黒色腫におけるシグナル伝達』. 生化学, 第 85 巻, 第 6 号 (2013)

皮膚悪性腫瘍診療ガイドライン改訂委員会:『皮膚悪性腫瘍ガイドライン第 3 版 メラノーマ診療ガイドライン』. 日本皮膚科学会誌 (2019)

Xiao Han, Ying Wang, Jing Sun, Tao Tan, Xiaomin Cai, Peinan Lin, Yang Tan, Bingfeng Zheng, Biao Wang, Jiawei Wang, Lingyan Xu, Zhengyi Yu, Qiang Xu, Xingxin Wu, Yanhong Gu: “Role of CXCR3 signaling in response to anti-PD-1 therapy”. EBioMedicine 48 (2019) doi: 10.1016/j.ebiom.2019.08.067

Melvyn T. Chow, Aleksandra J. Ozga, Rachel L. Servis, Dennie T. Frederick, Jennifer A. Lo, David E. Fisher, Gordon J. Freeman, Genevieve M. Boland, and Andrew D. Luster: “Intratumoral activity of the CXCR3 chemokine system is required for the efficacy of anti-PD-1 therapy”. Immunity (2019) doi:10.1016/j.immuni.2019.04.010

Elhamamsy AR, Metge BJ, Alsheikh HA, Shevde LA, Samant RS: “Ribosome Biogenesis: A Central Player in Cancer Metastasis and Therapeutic Resistance” Cancer Res (2022) doi: 10.1158/0008-5472.CAN-21-4087

Y-h. Taguchi, Turki Turki: “Tensor-Decomposition-Based Unsupervised Feature Extraction Applied to Prostate Cancer Multiomics Data”. Genes 11 (2020) doi:10.3390/genes11121493

Y-h. Taguchi, Turki Turki: “Tensor Decomposition-Based Unsupervised Feature Extraction Applied to Single-Cell Gene Expression Analysis”. Frontiers in Genetics 10 (2019) doi: 10.3389/fgene.2019.00864

Tirosh I, Izar B, Prakadan SM, Wadsworth MH 2nd, Treacy D, Trombetta JJ, Rotem A, Rodman C, Lian C, Murphy G, Fallahi-Sichani M, Dutton-Regester K, Lin JR, Cohen O, Shah P, Lu D, Genshaft AS, Hughes TK, Ziegler CG, Kazer SW, Gaillard A, Kolb KE, Villani AC, Johannessen CM, Andreev AY, Van Allen EM, Bertagnolli M, Sorger PK, Sullivan RJ, Flaherty KT, Frederick DT, Jané-Valbuena J, Yoon CH, Rozenblatt-Rosen O, Shalek AK, Regev A, Garraway LA: “Dissecting the multicellular ecosystem of metastatic melanoma by single-cell RNA-seq” Science (2016) doi: 10.1126/science.aad0501

公開済


投稿日時: 2023-03-21 07:08:39 UTC

公開日時: 2023-03-23 08:22:36 UTC
研究分野
生物学・生命科学・基礎医学